A Agência USP de Inovação atua na articulação das incubadoras de empresas de base tecnológica e social, parques tecnológicos e demais empreendimentos de inovação dos quais a Universidade de São Paulo participa, cabendo-lhe aproximar a universidade aos demais atores do ecossistema de inovação e empreendedorismo. Integra atualmente a governança de cinco habitats de inovação no Estado de São Paulo:

• INCUBADORA TECNOLÓGICA DE SÃO PAULO – CIETEC;
  
• ESALQTEC – Piracicaba;
  
• HABITS / INCUBADORA-ESCOLA -São Paulo;
  
• SUPERA PARQUE – Ribeirão Preto;
  
• UNICETEX – Pirassununga.